نظم قانون القضاء العسكري المسطرة والاجراءات التي تتم أمام المحكمة العسكرية في المواد من 38 إلى 144 ،وتبدأ الاجراءات بتحريك الدعوى العمومية وباتخاذ قرار المتابعة من طرف الوكيل العام للمحكمة العسكرية في حق المحالين عليها ، وذلك تمهيدا لانعقاد المحكمة والبت في القضية مرورا بمرحلة التحقيق التي يباشر الاجراءات فيها قاضي التحقيق العسكري .
وطبقا للمادة 87 على 3 فإن جلسات المحكمة العسكرية تكون علنية وتحت طائلة بطلان الحكم الصادر بشكل سري وبهذا تكون المحكمة كغيرها من المحاكم الأخرى ملزمة كقاعدة بمناقشة الملفات في جلسات عمومية وبصورة علنية ، مالم يؤمر بغير ذلك كما إذا كان في العلنية خطورة على الأمن والأخلاق على أنه يتعين في جميع الاحوال أن يصدر الحكم بصورة علنية .
ومن خصوصيات المسطرة أمام المحكمة العسكرية انه حين يقع إخلال أو ضجيج من شأنهما عرقلة سير القضاء فإنه رئيس الجلسة يطرد المخلين بنظام الجلسة ويحرر محضرا بذلك طبقا للمادة 89 من القانون 13 -108 التي تحيل على المواد 359 -360 و 361 من قانون المسطرة الجنائية تمهيدا لتطبيق العقوبات الواجبة التطبيق بحسب خطورة الفعل .
ومن الخصائص التي تميز الاجراءات أمام المحكمة العسكرية أن الاتهام الذي حرره الوكيل العام أو كافة الوثائق التي يظهر للرئيس ضرورة الاطلاع عليها أو قائمة الشهود المستدعين ،يجب أن تتلى في الجلسة من طرف كاتب الضبط .
وحين يصدر الحكم عن المحكمة العسكرية ، يجوز للمحكمة أن تأمر بتأجيل التنفيذ ،وليكون الحكم صحيحا قانونا وفقا لقانون القضاء العسكري، يتعين تضمينه مجموعة من البيانات منها أسماء القضاء ، ورتبهم والبيانات المتعلقة بالمتهم ،ونوع الجريمة التي أحيل من أجلها على المحكمة العسكرية والاسئلة التي ألقيت والمقررات الصادرة وفقا للفصلين .
ومنى خصوصيات المسطرة أمام المحكمة العسكرية حسب المادة 112 من قانون القضاء العسكري الجديد ، أن كاتب الضبط يتلو ،بعد أن ينطق رئيس الهيأة بالحكم علينا وينسحب مع أعضا ئها ،على المحكوم عليها بحضور النيابة العامة وأمام الحرس الحامل للسلاح ، منطوق الحكم ويشعره بآجال الطعن المخولة له قانونا .
وغني عن البيان أن تشكلية الحكومة العسكرية وهي تبت في القضايا ذات طابع جماعي حيث تتكون من قضاة مدنيين وقضاء عسكريين ،ولهذا يمنع مطلقا أن تكون التشكلية فردية لأن نوع قضايا التي تعرض على هذا المحكمة يفرض التشاور وتبادل الرأي والخبرات بين القضاة .